影响苦瓜储存的因素有苦瓜的成熟度，苦瓜受伤与否、环境乙烯及储存温度等。苦瓜的最适储存温度12-13℃，如果是10℃以下苦瓜成熟会释出乙烯，而且也会受环境乙烯的影响而加速后熟，并会出现冷害，即表面出现凹陷，进而感染溃烂。苦瓜表皮呈珍珠状，极为柔嫩，采收运输稍有不慎易受压腐烂，增加乙烯释出的机会。
采收苦瓜的时候我们需注意一下它的成熟度，欲短期储存者尤不应迟收，七八分熟者即可收获。采收后须立即降温，以减少瓜果后熟速率及乙烯的释出，影响周围苦瓜的后熟。一般可以水冷或强力通风预冷。苦瓜采收处理应极小心，采收后最好能以纸类或