1、颜色不同：青柠檬并不是指尚未成熟的柠檬，而是柠檬家族中的一个独立品种，它从挂果一直到成熟，其表皮都是青色的而且比较光滑。进口小青柠成熟后的果肉也是碧绿如玉，国产青柠成熟后的果肉则色如西柚，有点绿中带黄的感觉。
2、用途不同：青柠檬的果汁比黄柠檬要多一些，皮也比黄柠檬要薄一些，最适合榨汁饮用或制作成酸味浓郁的果汁类饮料。青柠檬在泰菜或东南亚菜还常被当作调料使用，与鱼类一起烹煮可以去腥味，与肉类一起烹煮能让肉质松软鲜美。黄柠檬在烹调中多用于西餐，通常也是榨成柠檬汁或切成柠檬片泡水饮用，用来搭配海鲜能起到去腥、吊鲜和增香的作用。
3、味道不同：青柠檬的香味比较浅淡，国产青柠成熟后的果肉酸味也不重，而且回味稍带有苦涩感。进口小青柠成熟后的果肉则味道极酸。黄柠檬的香味比较浓郁，成熟的果肉也是很酸的。
4、营养成分不同：青柠檬和黄柠檬虽然有着很多的区别，但它们两者的营养成分却是基本相同的，只是青柠檬中的柠檬酸和维生素C含量稍高于黄柠檬。
5、柠檬因其味极酸，孕妇最喜食，故称益母果或益母子。柠檬中含有丰富的柠檬酸，因此被誉为“柠檬酸仓库”。它的果实汁多肉脆，有浓郁的芳香气。因为味道特酸，故只能作为上等调味料，用来调制饮料菜肴、化妆品和药品。此外，柠檬富含维生素C，能化痰止咳，生津健胃。用于支气管炎，百日咳，食欲不振，维生素缺乏，中暑烦渴等症状，它是"坏血病"的克星。