火龙果内部发芽可以吃。火龙果发芽后会长出胚珠柄，是果实的一部分，发芽后不具有毒性，可以安心食用。遇到火龙果发芽后，只要将发芽处切除，仍能食用。造成火龙果发芽，仍需要衡量保存时是否处理不够完善，火龙果易因为天气炎热、保存不当而造成发芽。像火龙果盛产的夏季，因天气、环境温度皆高而闷热，易增加发芽的情形。
火龙果保存较好的方式
将火龙果装箱冷藏，储存在温度在15摄氏度左右的环境条件下，即可长时间的保存。在高温季节，可以将火龙果放在阴凉处，避免高温。采收后的火龙果本身就属于一种呼吸率低的水果，加上果皮厚又有蜡质保护，本身就不容易变坏，而且还极其耐储存与运输，因此只要满足温度上的条件和不破坏其本身，便易于存放。