1、外形不同：生蚝的个头明显更大一些，牡蛎个头偏小。此外生蚝的外壳比牡蛎更光滑，摸上去更舒服。
2、口感不同：生蚝的肉紧紧贴着外壳，肉比较肥厚鲜嫩。而牡蛎肉比较少，口感没有生蚝好。
3、营养价值不同：生蚝的营养价值比牡蛎高很多，比如锌含量，生蚝比牡蛎高好几倍。100g的生蚝含有71.2mg的锌元素，而同样重量的牡蛎只有9.39mg，生蚝是牡蛎的7.6倍。
4、做法不同：生蚝一般烧烤时候吃的比较多，常见做法包括生吃生蚝、蒜蓉生蚝、清蒸生蚝、炭烤生蚝等等。牡蛎的做法也很多，但就是不能生吃，不过可以做牡蛎煎，此外还可以用来凉拌。
5、价格不同：生蚝的营养价值高，价格要比牡蛎贵一些。