1、文昌鱼动物的进化是从无脊椎动物到脊椎动物，而脊椎动物中的进化依次排列为文昌鱼—鱼类—两栖类—爬行类分别进化成鸟类和哺乳类，原始哺乳类进化成人类。因此，鱼类的祖先是文昌鱼。由原始鱼到现代鱼的进化：按说每一种动物都有它的祖先。鱼类的祖先是文昌鱼，从狭意的角度上可以这么说。但是我们也可以饶有趣味地这么说：动物的进化是从无脊椎动物到脊椎动物，而脊椎动物中的进化依次排列为文昌鱼—鱼类—两栖类—爬行类—鸟类—哺乳类—人类。鱼的起源很早，在世界上还没有人类的时候，鱼类就生活在海洋里了。虽然在数亿年的演化过程中有一些古老的种类已经灭绝，但另有其它新兴的种类继之产生。据文献记载，鱼最初发现于据今四亿年的奥陶纪地层，但所得到的那时鱼类的化石是不完整的，一直到了志留纪晚期，才完整地获取了关于化石及早期脊椎动物关系的概念。
2、泥盆纪时，各种古今鱼均已出现。泥盆纪时代既可谓是鱼的初生年代，也是鱼的极盛时代，当时，由于其它的脊椎动物还不多，所以有人把泥盆纪称为“鱼的时代”。到了新生代，各群鱼类十分繁多，成为脊椎动物中最大的类群，为鱼类的发展史中的全盛时代。从泥盆纪所取得的化石分析，古代鱼类可分为四大类：无颌类、盾皮类、软骨鱼类、及硬骨鱼类。无颌类动物在志留纪及泥盆纪中最多，被公认为最早的脊椎动物，化石的无颌类的身体几乎被厚硬骨板及硬的东西包被，故称为甲胄鱼类。盾皮鱼类是最早的有颌类，它们泥盆纪时盛极一时，但到了末期则大部分绝灭。
3、有人认为软骨鱼类及硬骨鱼类是由盾皮类沿两个方向演变而来，但至今仍无证据证实。软骨鱼类被认为是最“原始”的鱼类，但一般认为软骨鱼类与硬骨鱼类是两支平行发展的分支。最早的硬骨鱼类是古鳕类，再由此演变现存的绝大多数的硬骨鱼类。硬骨鱼类中的内鼻孔鱼类的典型原始类型代表是双鳍鱼与和骨鳞鱼，后者是最早的泥盆纪的总鳍鱼类。而总鳍鱼类又被认为是最早的两栖类的直接祖先。1938年12月22日，有人在非洲东南沿岸捕到一条大鱼，其身长1.5米，重58公斤，后经专家研究与确认，认为这条鱼应属总鳍目的一个新的科，至此，人们终于把已绝迹的鱼找了回来，后来此鱼被命名为拉蒂迈鱼（即矛尾鱼）。矛尾鱼这种活化石的出现给了我们很大的启示。大家都知道，人类是经过漫长的历程进化而来的；鱼类上陆进化为两栖类，然后完全脱离水域进化为陆地是的爬行类和哺乳类，最后才进化为人类。
4、具体地说，总鳍鱼类分为两支，其中一支（骨鳞鱼类）脱离了水域。逐步进化为人；另一支比较保守（空棘鱼类），始终没有离开水。如今的矛尾鱼类就是后者的后代。矛尾鱼这种活化石为我们提供许多无法从化石材料中获取的情况。现存的最低等脊索动物，如海鞘、文昌鱼等，由于体内还没有坚硬的骨骼，至今还没有发现它们的化石祖先。因此，关于脊索动物的起源，只能用比较解剖学和胚胎学的证据来进行推测。脊椎动物的进化可以分为三个大阶段：第一阶段是在水中的进化，也就是鱼类（软骨鱼和硬骨鱼）的进化；第二阶段是从水中到陆地上的进化，即两栖类和爬行类的进化；第三阶段是由爬行类进化出来的两支高等脊椎动物，鸟类和兽类的进化。