1、普陀山地形呈菱形状，是舟山群岛1390个岛屿中的一个小岛，形似苍龙卧海，面积12.52平方千米，与舟山群岛的沈家门隔海相望，南北长8.6千米，东西宽约3.5千米，岸线长30千米。中部佛顶山天灯台最高，海拔291.2米，向四面延伸，西为茶山，北为伏龙山，东为青鼓垒山，东南为锦屏山、莲台山、白华山，西南为梅岑山，主峰均在100至200米间，连绵起伏。
2、普陀山地势西北高峻，东南平缓，以佛顶山天灯台最高，海拔为291.2米，向北、东、南延伸，高度蜿蜒下降，向北伸展为茶山（93.7米）和龙头山（102.3米）；向东为锦屏山（205.2米）、莲台山（133.3米）和青鼓山（142.7米）；向南为雪浪山（183.2米）、大山（183.2米）、梅芩山（109.3米）和白华山（97.1米）。
3、普陀山地质属古华夏褶皱带浙东沿海地带，形成于1亿5千万年前侏罗—白垩纪，燕山运动晚期的侵入花岗构成岩石基础。其地貌因受第三纪新构造运动地壳间歇上升及第四纪冰期、间冰期海蚀作用影响，可分为山地、海蚀海积阶地、海积地、海蚀地区类。
4、普陀山四季分明，夏无酷暑、冬无严寒，属亚热带海洋性气候。年平均气温在20℃左右，年降水量为1100毫米左右。普陀山属中亚热带海洋季风气候，主要特点是冬暖夏凉，四季分明；风大雾多，雨量充沛，据气象站二十年气象资料分析，年平均气温16.1℃，最冷月（1月）平均气温5.4℃，最热月（8月）气温27℃；日极端最高气温38.2℃，日极端最低气温-6.5℃；全年降水量1186.9毫米，降水天数平均149.1日。
5、普陀山全山土地总面积19735亩，其中土壤面积19209亩，占97.3%；寺院、居民住房基地430亩，水面24亩，公路73亩，分别占总面积的2.2%、0.12%和0.38%。按浙江省第二次土壤普查分类，全山土壤归属为红壤、潮土、盐士、水稻土4个土类；红壤、黄红壤、浸蚀型红壤、潮土。滨海盐土、渗育型水稻土。潴育型水稻土、盐渍型水稻土8个亚类。