北京站和北京西站的区别是：地理位置不同、运营时间不同。
1、北京站是全国铁路枢纽之一、全国铁路客运特等站。北京站地处北京市东城区，二环路内，建国门与东便门以西，崇文门与东便门之间，原北京内城城墙以北、东长安街以南。北京西站，又称北京西客站，位于中国北京市丰台区莲花池东路、西三环路附近，是北京市四大铁路客运站之一，是国家以及北京市“八五”计划的一项重要城市基础设施。
2、北京站隶属北京铁路局，毗邻北京市318国道下线和北京汽车客运南站。是北京铁路局首批全国铁路枢纽之一。北京站1959年迁至现址，是全国铁路客运的重要枢纽。北京西站于1996年1月21日开通运营，当时是亚洲规模最大的现代化铁道客运站之一。