水生动物可以净化水质，维持生态平衡。渔业污水中有机物、氨氮、NO2-N及其它的含量高，水生动物通过自身组织功能使污水得以净化，降低了总磷总氮、提高水体的溶氧从而达到水体的循环再利用的效果。水生动物最常见的是鱼，此外还有腔肠动物如海葵、海蜇和珊瑚虫等、软体动物如乌贼、螺和章鱼等、甲壳动物如虾和蟹等、其他动物如海豚和鲸等。
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